Carlos,
A idéia do MVC é Model-View-Controller...
Dá pra simplificar bem a idéia assim ó:
Model => Modelo, entidades, classes de negócio.
Controller => Processamento de requests Web
View => Render de página
Nada impede que essa arquitetura coexista com outra separação que você julgue mais adequada. Pra mim o principal ganho do MVC está na separação View/Controller, tornando a arquitetura da interface com usuário mais próxima de como funciona na Web.
Na abordagem WebForms (asp.net tradicional com code behind) vc tem o .aspx e .aspx.cs (code behind) com muita coisa misturada de lógica de renderização com lógica de processamento de requests. É muito comum ver coisas no "Page load" ou no clique de um botão executando operações na aplicação que nada tem a ver com comportamento "visual" da página.
A idéia do "Model" do MVC vem de criar entidades parecidas com as que você citou em "Classe Modelos" no teu post, mas nada impede que essa camada de model utilize-se de outras classes que encapsulam a regra de negócio e por sua vez chamam classes de persistência.
Existem milhares de abordagens de como criar esse tipo de modelagem. Eu particularmente gosto do modelo apresentado aqui: http://ericlemes.wikidot.com/dotnet-spring-pt1
O artigo fala sobre spring, mas dá pra ter idéia da separação de camadas.
Eu gosto do MVC justamente por estruturar melhor a camada de apresentação em aplicações web.
O importante é ter em mente q a adoção de um padrão MVC pode coexistir com muitas abordagens de separação em camadas com objetivo de reuso e redução de acoplamento.
Abraço,
Eric